Les champignons, les bactéries et les levures sont tous communs dans le sol. Ces microfaune et microflore varient considérablement en nombre, mais elles sont présentes dans presque tous les sols et environnements du monde. Ces organismes jouent un rôle essentiel dans le maintien de plantes saines. Tant que les populations sont contrôlées, elles sont beaucoup plus utiles que nuisibles. L’identification de ces organismes peut s’avérer difficile et nécessite souvent la connaissance d’un microscope et la préparation des lames.

Symptômes courants d’infestation

Lorsque le sol est envahi par des champignons, des bactéries ou des levures, des symptômes apparaissent chez les plantes. La santé générale décline, les feuilles jaunissent ou brunissent, et les branches ou les tiges meurent. Les producteurs devraient être particulièrement prudents pendant les périodes de pluie ou d’humidité prolongée, car ces conditions sont idéales pour favoriser la croissance fongique et bactérienne. Les effets sur les plantes varient selon l’espèce et la gravité de l’infection. Une dose de fongicide ciblé est habituellement nécessaire.

Identification de la levure

La levure est un type de champignon qui compte environ 1 500 espèces, que l’on trouve dans la plupart des milieux et qui est commun dans le sol. Il aide à décomposer la matière organique, ce qui permet aux plantes d’obtenir des éléments nutritifs. Il n’y a pas de chlorophylle dans la levure et ils se reproduisent par bourgeonnement. L’identification de la levure se fait généralement à l’aide d’une coloration de gramme, un procédé qui nécessite la préparation d’une lame et la coloration d’un échantillon avec des solutions de violet cristal et de safranine. Lorsqu’elle est bien faite, la levure apparaît sous forme de cellules simples ou bourgeonnantes, ou peut être présente dans des chaînes appelées pseudohyphes. Les cellules de levure sont gram positives, c’est-à-dire qu’elles apparaissent bleu foncé et sont jusqu’à quatre fois plus grandes que les bactéries.

Identification des bactéries

L’identification de types de bactéries spécifiques peut être nécessaire pour cibler une infestation végétale. Certains, comme les moisissures de suie ou certains fléaux, sont facilement identifiables, car ils laissent des signes révélateurs sur les parties aériennes de la plante. D’autres, comme la pourriture des racines, transforment les racines en une substance grise pâteuse, inutile pour transporter de l’eau ou des nutriments. Pour d’autres, la culture d’un échantillon dans une boîte de Pétri avec une solution de gélose peut aider à l’identification. La couleur, la forme et le mode de croissance aident à identifier l’espèce. Les membres de la famille des Rhizobiaceae sont parmi les espèces de bactéries les plus communes et les plus répandues dans le monde. Ils sont disponibles en plusieurs couleurs et ne sont généralement pas nuisibles pour l’écosystème du sol et sont très bénéfiques pour les légumineuses.

Identification des champignons

Les champignons ont généralement une structure différente de celle des bactéries ou de la levure et se trouvent généralement dans de gros fils appelés hyphes, qui peuvent s’étendre sur de très petites ou de très grandes distances. Il y a trois groupes principaux de champignons, et un seul est nocif. Les champignons saprophytes sont des décomposeurs qui aident à transformer la matière organique en quelque chose d’utile aux plantes, tandis que les champignons mycorhiziens colonisent les racines mais ne sont pas des parasites. Dans ces relations, la plante et les champignons en bénéficient, généralement parce que les champignons transforment les minéraux en formes utiles. Les champignons pathogènes, y compris verticillium, pythium et rhizoctonia, sont tous traités avec un fongicide et peuvent causer la mort des plantes s’ils ne sont pas traités. L’identification se fait de la même manière que l’identification des bactéries, en prélevant un échantillon et en le laissant croître avec une solution de gélose dans une boîte de Pétri.

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